Die Hauptpersonen in Conflict: Denied Ops sind zwei Agenten der Special Activities Division (SAD) der CIA. Sie haben den Auftrag, die Atomwaffenpläne eines selbst ernannten Diktators zu durchkreuzen. Ihre Mission führt sie auf drei Kontinente. Dort stoßen sie auf ehrgeizige, mächtige und gefährliche Männer, die den internationalen Atomwaffenschmuggel kontrollieren.

Sie können zwischen den beiden grundverschiedenen Charakteren umschalten, um diese schnell in Position zu bringen und ihre individuellen Fähigkeiten und Waffen gezielt einzusetzen. Das ist das Prinzip des Spiels: Beide Agenten arbeiten zusammen und beschützen sich gegenseitig, um das perfekte Denied Ops-Team zu bilden.